Der Hafen konnte an den Umschlagrekord von 1928 erst 1960 wieder anknüpfen. Immer dann, wenn der freie Welthandel eingeschränkt wurde, litten auch der Hamburger Hafen und die HHLA. Nach der Weltwirtschaftskrise lähmte zunächst die handelsfeindliche Autarkiepolitik des NS-Regimes, dann der Zweite Weltkrieg. Seeverkehr und Umschlag kamen nach dem deutschen Einmarsch in Polen weitgehend zum Erliegen. Im Hafen wie auch bei der HHLA wurden während des Kriegs, zentral organisiert über die Gesamthafenbetriebsgesellschaft (GHB), Zwangsarbeiter und KZ-Häftlinge eingesetzt.

Die Flächenbombardements der Alliierten führten dazu, dass nach Kriegsende 3.000 Wracks die Hafengewässer blockierten. Von 831.000 Quadratmetern Speicherfläche im Jahr 1938 waren noch 236.000 Quadratmeter einsatzfähig, von 450 Kilometern Hafenbahngleisen noch 145 Kilometer, von 1.108 Kranen noch 230. Die Umschlagkapazität des Hamburger Hafens lag 1945 bei weniger als zwei Millionen Tonnen und entsprach dem Stand von 1865 vor der Inbetriebnahme des ersten modernen Hafenbeckens am Sandtorkai.