In den 1960er-Jahren erwies sich die Mischform aus Wirtschaftsunternehmen und staatlichem Regiebetrieb, die die HHLA seit 1935 darstellte, zunehmend als Handicap. Dies erkannte die Stadt und übernahm mit der neuen Hafenordnung von 1970 wieder die Verantwortung für die Infrastruktur. Die HHLA wiederum konnte, entlastet von allen hoheitlichen Aufgaben, die Chancen des Containerzeitalters noch aktiver wahrnehmen. Eine weitere Etappe der Unternehmensentwicklung markierte die grundlegende Modernisierung der Konzernstruktur im Jahr 2003 mit der Konzentration und Fokussierung des Geschäfts auf die Segmente Container, Intermodal, Logistik und Immobilien. Damit legte die HHLA die Grundlagen für weiteres Wachstum und den Gang an den Kapitalmarkt. Das rasante Wachstumstempo des Containerumschlags seit der Elbvertiefung im Jahr 1999 übertraf alle Prognosen und führte zu der Erkenntnis, dass die Umschlaganlagen weit schneller modernisiert und ausgebaut werden mussten als bis dahin geplant.

So startete die HHLA im November 2004 das größte Investitionsprogramm ihrer Unternehmensgeschichte. Im Mittelpunkt stehen der Kapazitätsausbau in Hamburg auf künftig zwölf Millionen Standardcontainer pro Jahr, der systematische Ausbau des HHLA Transportnetzwerks sowie eine Vielzahl weiterer Projekte, darunter der Ausbau des Multifunktionsterminals O’Swaldkai. Bereits im Jahr 2007 wurde mit 7,2 Millionen Standardcontainern das Ergebnis von 4,6 Millionen von 2004 um 50 Prozent übertroffen. Dieser Erfolg wäre ohne den Container Terminal Altenwerder nicht möglich gewesen. Mit seiner Inbetriebnahme im Jahr 2002 bot er nicht nur zusätzliche Kapazitäten, sondern setzte schon bald neue Bestmarken in der Abfertigung von Großschiffen.